根据兵团工会主要工作任务，兵团工会机关下设7个内设机构：

        （一）办公室（财务部）

        负责机关的综合协调工作；负责机关的会议组织、文秘、档案、保密、统计、财务、后勤工作；负责工会经费的收缴、管理、使用。

        （二）组织部（民主管理部）

    负责工会组织建设；研究、指导职工民主管理工作；组织开展工会工作竞赛活动和建设职工之家活动。

        （三）经济工作部（庭院经济办公室）

            指导协调职工技术协作工作；组织开展劳动竞赛和劳动安全保护群众性监督检查活动；研究拟订兵团庭院经济发展的政策、规划并组织实施；负责兵团以上劳动模范的管理工作。

        （四）宣传教育文化事业部（工会理论政策研究室）

        指导和组织工会的宣传活动；调查研究职工思想动态，开展职工思想政治和文化科技教育工作；组织开展群众性的文体活动；组织工会理论政策的研究工作。

        （五）保障部

        依法维护职工的合法权益，参与涉及职工切身利益政策的制定并监督实施；组织开展有关工会、职工的法律服务、帮助工作；组织指导送温暖工程和平等协商签订集体合同工作；参与兵团劳动争议调解、仲裁的工作。

        （六）女职工工作部

        组织协调兵团女职工工作；教育、引导广大妇女自尊、自信、自立、自强，促进妇女全面发展；协调和推动社会各界为妇女儿童服务；承担兵团妇联机关的日常工作。

        （七）工会经费审查审计办公室

        负责对兵团工会及下级工会经费的审查和审计工作。